Bereits um 1426 hat es Orgelmusik auf einem kleinen Orgelwerk (ohne Pedal) im Fräuleinchor des Westwerks der Stiftskirche gegeben. Seit dieser Zeit sind sogar alle Organisten im Stift namentlich überliefert.

Immer wieder wurden insbesondere im vorigen Jahrhundert Überlegungen angestellt, wegen der ungünstigen Klangabstrahlung die Orgel in das nördliche Querschiff zu versetzen.

Im Jahre 1996 konnte dann nach 14-jähriger Planung der Auftrag zum Bau einer neuen Orgel an die Manufacture d´ Orgues Muhleisen aus Straßburg erteilt werden. Die Einweihung dieses Instrumentes beging die Gemeinde am Osterfest 2000 in einem festlichen Gottesdienst.

Das Instrument wurde in seiner klanglichen Anlage mit Rücksicht auf den Standort im Hohen Chor so angelegt, dass es neben dem Hauptwerk und Positiv ein expressiv-romantisches Schwellwerk erhielt. Damit können auf dieser Orgel neben der barocken und klassischen Orgelliteratur auch große orgelsinfonische Werke dargestellt werden.

Sämtliche Teile (bis auf den Orgelmotor) sind in handwerklicher Arbeit in der Straßburger Werkstatt angefertigt worden. Insgesamt wurde eine Arbeitsdauer für dieses Instrument von über 18.000 Arbeitsstunden benötigt, von denen allein über 3000 Stunden auf die Intonation der 3000 Pfeifen entfielen. Äußerlich wurde das Instrument an den Stil der neuen Ausstattungsgegenstände der Kirche angepasst, so dass dem Betrachter diese harmonische Verbindung sofort ins Auge fällt.

Trotz des seitlichen Aufstellungsortes und der durch die Renovierung erheblich zum Nachteil veränderten Akustik der Stiftskirche erreicht die Orgel durch ihre grundtönige Intonation den ganzen Kirchenraum und vermag in den verschiedensten Klangkombinationen ein sehr abwechslungsreiches, rundes und lebendiges Klangbild zu zeichnen. Dank der erstklassigen handwerklichen und intonatorischen Arbeiten und der großzügigen Finanzierung durch die Ev.-lutherische Landeskirche Braunschweig gelang es, ein Instrument von ausnehmender musikalischer Schönheit  zu realisieren, die nach Einschätzung von Fachleuten eine Spitzenposition in der niedersächsischen Orgellandschaft einnimmt.